陥落後の南京市内には、江華門など一部の激戦地に日支両軍の戦死体が残っている他はほとんど屍体は見られなかった。まして数十万の虐殺など見た者もいないし、また信じられぬことである。 下関（シーカン）など南京郊外に若干の戦死体が見られたが、下関では死体を見なかったという証人もあり、必ずしも証言は一致しない。 市内の路上には敗走する支那兵の脱ぎ捨てた軍服・兵器などがおびただしく散乱しており、彼らが敗退に際して便衣に着替えたことは明瞭であった。しかも市内には我軍の占領直後、市民の影を見ず、これらの便衣兵は難民区に遁入したとしか考えられなかった。 難民区（安全区）は日本軍憲兵の哨戒が厳重で、特別の許可なき者は将校といえども立ち入ることはできなかった。一般に軍紀・風紀違反や不法行為に対する我が憲兵の取り締まりは峻厳を極めた。 支那兵は退却時に掠奪・砲火を行うのを常習としたが、我軍においては失火・放火は厳禁されていた。南京郊外の家屋・建物は支那軍の清野戦術で焼き払われているところが多く、我軍の宿営に困難をきたした。南京城内の火災は陥落以前のことで、日本軍占領以後は火災はほとんどなかった。 松井軍司令官が軍紀・風紀の維持に関して厳令を発したにもかかわらず、占領前後・若干の軍紀違反・不法行為が発生した。松井軍司令官はこれについて再び軍紀の粛清を厳達した。 南京占領後、我軍は約4千の不慮を収容し、半数を上海へ送り、半数を南京で収容した。我軍は彼らを労役に使用し、のち放免した。しかし武器を携えて安全区へ潜伏していた敗残兵は軍法会議にかけて処断したことはありうる。それが無辜の市民の虐殺として誇大に宣伝された。 徴発は正当な対価を支払い、軍司令部の責任を明確に表示して実施した。 支那側は外国権益の不可侵性を悪用し、外国旗を僭用（せんよう）したり、日本軍の作戦を妨害しようとしたことが少なくなかった。 南京市民は日本軍を恐れることなく、報酬を受けて労務に従事し、あるいは、自治会の結成に協力した。昭和13年初頭の治安維持会発会式には数万の市民が集まって歓呼した。要するに我軍占領後、南京の市民生活は速やかに平生に復帰したのであった。